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胡锦涛最慎之又慎的，还是台湾问题。
台湾事务按照中共的观点，属于内政，但主管外交的领导如钱其琛、唐家璇等却常常兼管台湾事务。胡锦涛担任总书记后，中共中央对台工作领导小组进行了调整，由胡锦涛担任组长，成员包括全国政协主席贾庆林、国务委员唐家璇、中共中央办公厅主任王刚、统战部长刘延东、海协会长汪道涵、国台办主任陈云林、国家安全部长许永跃、副总参谋长熊光楷等。
这个班子，江泽民色彩相当浓，胡锦涛对台湾问题没有太多解套的新招式，基本上萧规曹随，突出“三个坚持”：坚持“和平统一、一国两制”方针，坚持现阶段发展两岸关系、促进中国和平统一的八项主张，坚持一个中国原则，坚决反对“台独”等分裂势力的任何分裂活动。积极推动两岸交流和“三通”，实现了“台商春节包机”的首航等，台湾当局 “加入联合国”和趁非典引起国际同情之机“进入世界卫生组织”等图谋，先后都遭到挫败了。这本是年复一年要演的戏码，没有什麽新鲜的。胡锦涛一次又一次也 只是重覆既定的原则，例如2003年10月24日，胡锦涛在堪培拉回答澳大利亚记者的提问时就重申立场：“和平统一、一国两制”。
但是台湾民进党陈水扁为摆脱总统选情颓势，大力推动“公投制宪”，试图为“台独”製造法理依据，两岸出现新一轮紧张局势，北京视之为分裂国家的活动而猛烈批评，并且警告台湾如果通过不设限的“公民投票法”，中国大陆将有强烈反应。
2003年11月27日，台湾的立法院通过国民党、亲民党版本的“公投法”，对公投在程序上设下种种限制，亦否决了《公投法》适用范围包括国旗、国号、领土变更等激进条款。陈水扁随后表示将推动在2004年3月总统大选时同时举行“防御性公投”。12月，国务院总理温家宝访问美国，美国布什总统看在 需要中国在朝核问题上助一臂之力，投桃报李，针对“防御性公投”，明确表示反对台湾领导人企图单方面改变海峡现状的言行，被喻为“历来对台湾领导人最严厉 用辞”的讲话。
12月25日圣诞节，胡锦涛在北京会见来参加座谈会的台湾同胞投资企业协会会长时又强调，大陆和台湾同属一个中国，中国是我们的共同家园。由于两岸正 因为台谍、“公投”等争议而呈现紧张局势，胡锦涛高规格接见的动作，台湾学者研判，此举是为了安抚台商和台湾民众的心，并释放大陆无意让台海关系回到 1996年导弹危机状态的讯息。和平掘起战略是胡锦涛主政时代的中国国际关系，也是对台关系的主轴。胡锦涛接见台商，正是不希望台海兴波，破坏悉心建构的 和平掘起战略佈局。
这一年，胡锦涛连续向美国发出信号。12月21日晚应约同美国总统布什通电话，12月29日下午在北京会见美国总统特使、前国务卿贝克，都强调中国政府在台湾问题上的原则立场：愿以最大的诚意、尽最大的努力实现和平统一，但绝不能容忍“台独”。
儘管台湾总统陈水扁随著2004年大选，推出了很多刺激大陆的政治措施，以引发争端，收获悲情，人们在台湾海峡既没有看见导弹掠过，也没有看见军事演 习。这种沉稳，与其说体现胡、温新政的耐心与诚意，不如说显示他们“吃一堑，长一智”，不再把台湾海峡让给民进党做免费票箱。
让许多观察家跌破眼镜的是，胡锦涛在政坛高层习惯深藏不露，但他在对台决策上却表现出了前所未有的大刀阔斧、雷厉风行，频出奇招，以高超娴熟的政治手腕，“颠覆”了传统思维与作法，将两岸“棋局”推演至一个全新阶段，使北京一改过去十多年来被动应对的局面，重新夺回了两岸政治博弈的主动权和主导权。
胡锦涛对涉台部门经常处于被动接招，疲于因应台湾变局，深为不满。为取得处理对台问题的主导权，他接任中共对台工作小组组长后，推出反守为攻的策略。 中共展现出空前的大胆、自信、创新：春节包机直航、货运包机商谈、双亚赴台弔唁辜振甫、出台反分裂国家法、连宋大陆行等等。
与江泽民不同，胡锦涛在开会时，多次要求总理温家宝列席，扩大参与层面，一些军事将领与重要的涉台地方首长均列席参与，发表意见。他请曾庆红担任小组联络员，一旦江泽民、钱其琛两人有意见，便可用书信方式转交小组。
从2003年3月到2006年4月，三年时间，胡锦涛提出了六个“胡四点”：2003年3月11日，胡锦涛在参加十届全国人大一次会议台湾代表团审议时，谈了四点意见：一是要始终坚持一个中国原则；二是要大力促进两岸的经济文化交流；三是要深入贯彻寄希望于台湾人民的方针；四是要团结两岸同胞共同推进中华民族的伟大复兴。
2005年3月4日，胡锦涛在看望参加政协十届三次会议委员时，提出四点意见：第一，坚持一个中国原则决不动摇；第二，争取和平统一的努力决不放弃；第三，贯彻寄希望于台湾人民的方针决不改变；第四，反对“台独”分裂活动决不妥协。
2005年4月29日，胡锦涛在与国民党主席连战举行历史性会谈时，就发展两岸关系提出四点主张：第一，建立政治上的互信，相互尊重，求同存异；第二，加强经济上的交流合作，互利互惠，共同发展；第三，开展平等协商，加强沟通，扩大共识；第四，鼓励两岸民众加强交往，增进瞭解，融合亲情。
台湾媒体特别注意到这样一个细节：胡锦涛中南海晚宴中，胡锦涛一开始说明这是“家庭聚会”，在座都是“家人”，没有外人，不必拘束，拿出最顶级贵州茅台，两人你来我往相互斟酒、敬酒，恰应了“酒逢知己千杯少”的比喻。
2005年5月12日，胡锦涛在与亲民党主席宋楚瑜举行会谈时，就当前改善和发展两岸关系再提出四点看法：第一，坚持体现一个中国原则的“九二共识”，确立两岸关系和平稳定发展的政治基础；第二，推进两岸“三通”，开创两岸经济交流和合作的新局面；第三，早日恢复两岸平等对话和谈判，求同存异、扩大共识；第四，增进相互理解，密切两岸同胞的感情。
2005年7月12日，胡锦涛在会见郁慕明率领的新党大陆访问团时，就当前发展两岸关系提出四点看法：共同促进中华民族的伟大复兴；坚持一个中国原则；坚决反对和遏制“台独”；切实照顾和维护台湾同胞的切身权益。
2006年4月16日，胡锦涛在北京会见中国国民党荣誉主席连战和两岸经贸论坛上百位与会人士，就两岸关系和平发展提出四点建议：第一，坚持“九二共识”，是实现两岸和平发展的重要基础。第二，为两岸同胞谋福祉，是实现两岸关系和平发展的根本归宿。第三，深化互利双赢的交流合作，是实现两岸关系和平发 展的有效途径。第四，开展平等协商，是实现两岸关系和平发展的必由之路。
短短时间，台海局势竟然从战云密佈、剑拔弩张的危机边缘，一下子转到风平浪静、曙光初露的良性阶段。胡锦涛看透了陈水扁、连战、宋楚瑜三人的矛盾，凭藉著软硬两手，轻鬆使扁连宋进入局中。胡锦涛首先拉住连战，让连战先行访问大陆，赚足了风光；而连战出访，最焦虑者莫过于陈水扁，他只剩下三年任期，急于为自己寻找历史定位，突破两岸关系正是成本最少、效益最大的政治动作，他应该不会甘心被连战“抢头香”；对连战抢先登陆，宋楚瑜也相当尴尬，胡锦涛适时对其发出访问北京的邀请，这样既可下宋楚瑜这颗棋，使连宋两人相互竞争，同时使北京与台北两大在野党均建立沟通平台。“拉连宋，牵制扁”成为北京“以商围政”、“以民逼官”的新战线。
当连战和宋楚瑜大陆之行之后，《联合早报》文章评论说：“不要忘了，这一出精彩大戏的幕后总导演、总策划中共总书记胡锦涛”，如果不是胡锦涛在《反分裂法》出台前发表的那番充满善意和新思路的讲话，如果不是他作出了重大决策并在幕后部署指挥，连、宋怎麽可能在这麽短的时间内迫不及待相继“登陆”？大陆各地政府怎敢如此超高规格隆重欢迎？
胡锦涛赠送给连战三份大礼：一对大熊猫；开放公民赴台旅游；开放台湾水果进口，可以说将“统战”推向极致，达到了迄今为止两岸统战的最高境界。